کاشت مو به روش FIT با وجود مزایایی مانند عدم نیاز به برش نواری، ممکن است با خطراتی مانند آسیب به بانک مو، باقی‌ماندن اسکارهای نقطه‌ای، التهاب، عفونت و رشد نامطلوب گرافت‌ها همراه باشد. احتمال بروز این مشکلات به وضعیت سلامت فرد، مهارت تیم جراحی، کیفیت بانک مو و مراقبت‌های پس از عمل بستگی دارد. ارزیابی دقیق پیش از جراحی، برداشت اصولی فولیکول‌ها و شناخت علائم هشدار می‌تواند به کاهش عوارض قابل پیشگیری و دستیابی به نتیجه مطلوب‌تر کمک کند.